В Shared Project есть такой проект (точнее, справочник) HelpApplicationTOC - это то, что отображается в содержании справки.
Можно добавить как ссылки на свои статьи, вводить различные группировки и т.д.,а можно создать свой собственный проект с типом "Справочник" и добавить на него ссылку в HelpApplicationTOC.
Только делается это хитро. Неоходимо будет добавить элемент Group и назвать его [Имя вашего проекта]_HelpBookRef, т.е. к имени проекта добавить суффикс _HelpBookRef.
Что бы имена вложенных групп отображались правильно, необходимо добавить на каждый уровень иерархии проекта по одной ссылке на Help Topic. В этих документах необходимо заполнить только свойство Title - оно будет отображать в качестве имени группы.
Вот пример создания собственной группы

и вот что отображается в итоге