PHP код:
select sum(AmountMST) from _ledgerTrans where _ledgerTrans.PeriodCode == PeriodCode::Closing && _ledgerTrans.AccountNum == _ledgerTable.AccountNum
План запроса смотрели?
Индекс по AccountNum, PeriodCode строить пробовали?
Перестройку индексов, обновление статистик в MSSQL делали?