Цитата:
разъехались остатки на начало и конец периода
Это вполне естественно. Установив фильтр только по журналам, подходящим под условия, вы и получили остатки, сформированные только с учетом таких движений - остальные игнорируются. Вообще, забудьте про получение остатков таким способом, который используется в отчете InventTurnover_RU. Для получения остатков используйте соответствующие классы семейства InventSumDate*. Как их использовать можно посмотреть по ссылке:
http://axapta.mazzy.ru/lib/inventsumdate/