Какое именно резервирование имеется ввиду? Есть резервирования непосредственно при обработке маршрута комплектации - в нем именно так и будет происходить.
А есть резервирование под заказы (например, под заказ покупателя), то есть еще до создания заявок на отгрузку. Вот это резервирование ничего не знает про WMS и добиться указанного поведения нельзя.
Проблема несовместимости резервирования под заказы с WMS несколько раз обсуждалась. Попробуйте поискать по словам WMS, резервирование (или по соответствующим тегам)
Например:
Как сделать, чтобы резервирование не мешало текущим отгрузкам?