http://sqlite.org/src4/doc/trunk/www/design.wiki - они отказались от отдельных таблиц и сказали, что все значения буду хранится в одном большом пространстве ключ+значение. Плюс, на это дело наложено Log Structured Merge tree.
http://sqlite.org/src4/doc/trunk/www/key_encoding.wiki - они ловко закодировали ключи. Например, выборка из таблицы будет выборкой по определенному диапазону ключей, где первым значением будет номер таблицы (вероятней всего, всего пара байт)...