Спасибо всем за советы. Не всеми воспользовался, так как пробовал по порядку поступления
Итак, короткое резюме решения проблемы:
1. Как и предполагалось, воссоздание индексов решило проблему.
2. Неправильные количества была только половина проблемы - аналогичная проблема наблюдалась и со себестоимостями, так что пришлось переиндексировать и Т 5802. Тут один индекс так и не удалось восстановить - сделал три попытки и каждый раз сервер сваливался.
3. Манипуляции с индексами либо импорт из fob'a таблиц вызвал побочный эффект - сбились права пользователей на это таблицы, пришлось синхронизировать. Само по себе это не проблема, проблема в том, что это выяснилось только с утра, когда все приступили к работе...