[Товарищ ♂uatr]

Добрый день! А до разноски накладной складские проводки у строк документа есть, например в статусе "заказано"? Если нет, то вероятно, проблему нужно искать в другом месте.
Иначе смотрите как себя ведёт SalesInvoiceJournalPost.