В целом разобрался с этим вопросом. На первоначальный вопрос: Можно ли завести предоплату через журнал ГК, получаем следующий ответ: Нет, если вы хотите чтобы правильно отражались обороты по счетам.

Как я уже писал выше при сопоставлении неправильно формируются проводки по клиенту по предоплате (а точнее ничего не формируется, а просто у проводки меняется профиль разноски). Если же предоплату занести через журнал платежей в модуле Клиенты, то при сопоставлении в проводках Клиета все ок.

В начале формируется проводка по предоплате (профиль 62.4). Когда сопоставим формируются две проводки: сторно предоплаты (профиль 62.4) и оплата (профиль 62.2). В результате ОСВ по ГК и по Клиентам совпадают. Очень жаль, что попали в данную ситуацию, надеюсь теперь все будет гуд.