Это не глюки опции оплату в предоплату или предоплату в оплату (писал, помнится сам, на заре карьеры - как никак ответсвенность несу
) - это глюки именно отчета. Он точно строется по профилям и от этого страдает и другими глюками.
Как то: смена счета в профиле навсегда отрежет часть данных от отчета, неиспользование закрытия года покажет лажу в начальных сальдо и еще что-то (не помню)
Пишите свои отчеты, которым можно верить безоговорочно или правье этот.
Или купите готовый блок ГК отчетов и инструмента контроля проводок(например, кнопочку "распровести")