Вот написал job -- прекрасно отрабатывает метод quitApplication
Видимо, проблема именно с вашим шаблоном или файлом.
PHP код:
static void Job11(Args _args)
{
ComExcelDocument_RU ex;
;
ex = new COmExcelDocument_RU();
ex.newFIle("C:\\test.xls",true);
ex.insertValue("B4", 5023);
ex.documentSaveAs("C:\\test2.xls");
ex.quitApplication(true);
ex.finalize();
}