У НДФЛ есть два события - его начисление и его удержания.
Для всех видов доходов (кроме оплаты труда) начисление и удержание происходит в день выплаты дохода физлицу.
Для оплаты труда - начисление в конце месяца, удержание - в момент выплаты зарплаты. Поэтому все предприятия в момент получения зарплаты и несут поручения на перечисление налога в бюджет.
В аксапте, кстати, считается, что начисленный налог всегда удерживается (типа задержки с выплатой зарплаты на предприятиях которые внедряют аксапту нет
).