Кому интересно - проблему решили
) Анализ кода показал, что Axapta 3.0 использует при формировании складского журнала приёмки - когда делаем возврат - аналитику, указанную в производственном заказе (ПЗ). А там у нас указан только склад. Указав партию в ПЗ - она автоматом при этом проставляется в журнал и - получаем то, что нужно. Складская проводка расхода формируется с этой партией.
Для сравнения Axapta SP4 - берёт всё же на автомате ту же аналитику, которую указали вручную в журнале (в ПЗ при этом не нужно ничего прописывать).
Поэтому в Axapta 3.0 достаточно всего лишь следить за аналитикой в ПЗ и всё. Вот такое простое решение.